Во первых-ужасно работает система поддоменов. При расположении банера зарегоного для мой_сайт.ru на поддомен1.мой_сайт.ru и т.д. в статистике переходов с поисковиков показывается адрес сайта на который переши первым, вне зависимости на какой поддомен попал человек по этому запросу.
И вопрос. Мне нужно чтоб статистика отображалась на разные сайты на разных доменах. Как это можно сделать, устанавнивая код только одного счетчика?

Abiron
Если на ваших поддоменах находятся разные сайты, то единственный разумный выход — установить свой собственный код счетчика на каждый сайт.

Система синонимов сайта используется в случае разных имен url для одного и того же сайта.